Христианство пришло в Закарпатье после 863 года, после проповеди святых равноапостольных Кирилла и Мефодия (в Моравии)

Ученики святых равноапостольных были изгнаны из Моравии и некотоыре нашли приют в Закарпатье, считаясь основателями христианства в этом крае.

Мукачевская епархия была учреждена в 940 году Константинопольским Патриархом Феофилактом. В 14 веке русский князь Фёдор Корятович переселяется в Угорскую Русь, получив в удел Мукачевское княжество. Здесь он много помогал Мукачевскому Св-Николаевскому монастырю, где поселились мукачевские епископы, а обитель стала средоточием духовной жизни этих мест.

По кончине короля Карла-Роберта (1342 г) ужгородская доминия попадает во власть католика Филиппа Другета и для православного населения Закарпатья настали трудные времена. В 1596 году тут начали насаждать Брестскую унию, но верующий народ и мукачевские епископы сохраняли Православную веру на Западной Руси.

24.04.1646 г. в костеле Ужгородского замка 63 священнослужителя подписали Ужгородскую унию, по которой мукачевские епископы утверждались римской курией, униатам даны права и привилегии римокатолического духовенства. Большинство православных не поддержало унию: соглашение подписали всего 63 из 690 священников Мукачевской епархии. По причине этих событий православный епископ Мефодий Раковецкий перенес кафедру в Марамарош (1690 г.). Последний православный епископ Досифей был замучен в Хустском замке в 1735 году. Храмы передавали униатам и Православная Церковь фактически была объявлена вне закона. Тем не менее, переход в униатство позволил сохранить славянский язык и византийский обряд. Только в начале XX столетия оживает движение за возрождение православной веры, но Австро-венгерские оккупационные власти препятствуют его распространению. Так, в 1903¶¶¶1904 гг администрация организовала Марамарош-Сигетский процесс, на котором несколько православных были отправлены в тюрьму за веру. В 1913 году еще 32 человека были арестованы за возвращение в Православие ¶¶¶ вере своих предков. Второй Марамарош-Сигетский процесс состоялся в 1914 году осуждением перешедших в Православие.

После I Мировой войны, в связи с распадом Австро-Венгрии Закарпатье вошло в состав Чехословакии на правах автономии, конституция которой дала свободу вероисповедания, и местное население начало возвращаться в Православие . В 1920 году государство признало полномочия Сербской Православной Церкви и архиерейский собор Сербской церкви послал в епархию епископа Досифея Нишского. Был создан устав, и Сербская церковь получила право назначать на постоянное служение правящего архиерея с титулом Мукачевский и Пряшевский.

После освобождения Закарпатья в 1944 г последовало его присоединение к СССР и, по соглашению между Русской и Сербской Церквями, 22 октября 1945 г, Мукачевская епархия перешла под омофор Московского Патриарха. Словацкая часть Мукачевской епархии, оставшаяся в составе Чехословакии, вошла в Чешскую епархию.

Решением Св Синода УПЦ 29 июля 1994 г из Мукачевской епархии была выделена Хустско-Виноградовская епархия.